В 1944 году, сразу после входа во Львов Советской армии, Шептицкий отправил Сталину поздравительное послание. В послании глава галицких греко-католиков именовал советского лидера «Верховным вождем» и «Правителем СССР, главнокомандующим и великим маршалом непобедимой Красной Армии». По поводу вступления советских войск на территорию Западной Украины Шептицкий писал: «Эти светлые события и терпимость, с которой Вы относитесь к нашей Церкви, вызвали и в нашей Церкви надежду, что она, как и весь народ, найдет в СССР под Вашим водительством полную свободу работы и развития в благополучии и счастье».  
 
7 сентября 1944 г. Шептицкий выступил на праздничной (впервые после освобождения Львова) сессии собора с речью, в которой высказался о коммунизме как доктрине с широкими мировыми тенденциями, осудил бандеровщину и призвал духовенство к деятельному сотрудничеству с советской властью. Шептицкий успел подготовить и воззвание к ОУН-УПА с призывом сложить оружие и выйти из леса.  
 
Шептицкий говорил: «Я искренне рад, что Советская власть освободила нас от этих немцев, и об этой радости и об обязанностях, вытекающих из неё, говорил и говорю верующим и духовенству… Я поучал их, как нужно быть благодарным и покорным Советской власти, ниспосланной нам Богом, и духовенство с искренностью воспринимало и воспринимает мои поучения».